Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi Çanakkale Uygulamalı Bilimler Fakültesi, ilk olarak Mili Eğitim Bakanlığının 6/5/2013 tarihli ve 847956 sayılı yazısı üzerine, 28/3/1983 tarihli ve 2809 sayılı Kanunun ek 30 uncu maddesine göre, Bakanlar Kurulunun 6/6/2013 tarih ve 2013/4945 sayılı kararı uyarınca Çanakkale Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu adıyla kurulmuş olup faaliyetlerine başlamıştır. Müteakip yıllarda Müzecilik ve Kültürel Miras Yönetimi (2014), Moda Tasarımı (2015), Balıkçılık Teknolojisi (2015), Gıda Teknolojisi (2015) ve Enerji Yönetimi (2015) Bölümleri kurulmuştur. Sosyal Hizmet ve Sağlık Yönetimi Bölümlerinin 2016 yılında Üniversitemiz Siyasal Bilgiler Fakültesi’nden bünyesine dâhil edilmesiyle toplam 7 bölüme ulaşmıştır. Fakat fakültemizdeki bölümlerden Moda Tasarımı daha sonra kapatılmıştır. Müzecilik ve Kültürel Miras Yönetimi Bölümünün ismi ise Müzecilik olarak güncellenmiştir. 

28 Mart 2020 tarih ve 31082 Sayılı Resmi Gazete’de yayınlanan “Bazı Yükseköğretim Kurumlarına Bağlı Olarak Fakülte, Enstitü ve Yüksekokul Kurulması, Kapatılması veya Adlarının Değiştirilmesi Hakkındaki Karar” ile Çanakkale Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu kapatılarak yerine Çanakkale Uygulamalı Bilimler Fakültesi kurulmuş olup faaliyetlerine devam etmektedir. Şuanda, Gıda Teknolojisi, Sağlık Yönetimi ve Enerji Yönetimi bölümlerinde lisans düzeyinde eğitim-öğretim faaliyeti gerçekleştirilmektedir.